A bomba atômica lançada sobre Nagasaki foi montada na Ilha Tinian das Ilhas Marianas do Norte em 6 de Agosto, o mesmo dia em que a primeira bomba atômica foi lançada sobre Hiroshima. Em 8 de Agosto, foi emitida a ordem para lançar a segunda bomba no dia seguinte; no dia 9, em ambos os alvos, Kokura como alvo principal ou Nagasaki como alvo secundário.
No dia 9 de Agosto, o bombardeiro B-29 chamado “Bockscar” atingiu o céu sobre Kokura, mas a visibilidade era ruim devido a grande quantidade de fumaça e neblina causados pelo ataque aéreo realizado em Yahata no dia anterior. Por isso, eles abandonaram o alvo principal e voaram para o alvo secundário, Nagasaki, onde lançaram a bomba atômica.
Por quê Nagasaki foi escolhida como um dos alvos do bombardeio atômico? Acredita-se que o principal motivo foi porque Nagasaki, com menos danos causados pelos ataques aéreos em geral, seria mais adequada para investigarem e medirem com precisão a energia atômica. E também porque as instalações militares, como empresas de construção naval, e fábricas de munições estavam concentradas em Nagasaki.
Mas soubemos mais tarde que o alvo principal ordenado pelas Forças Armadas Americanas tinha sido as imediações do centro comercial da cidade de Nagasaki entre a Ponte Nigiwai e a Ponte Tokiwa atravessando o Rio Nakashima que corre pela parte central de Nagasaki.
