나가사키에 투하된 원폭은， 히로시마에 최초로 투하된 ８월 ６일과 같은 날에 북마리아나제도 중 하나인 테니안섬에서 조립되었고, ８일에는 제１목표를 기타큐슈의 고쿠라， 제２목표를 나가사키로 정해 9일에 투하할 것을 명령받았습니다．
９일， Ｂ２９복스카는 고쿠라 상공에 도착했지만, 전날 밤의 야하타 공습으로 발생한 대량의 연기로 인해 투하를 단념하고 ,제２목표인 나가사키로 향해 원폭을 투하한 것입니다．
나가사키를 투하목표 중 하나로 결정한 이유는 일반공습의 피해가 적고 원폭의 위력을 조사하는데 최적이었던 점，조선공장이나 병기공장과 같은 군수공장이 집중돼 있었던 점 등이 이유로 생각됩니다.
또한，아메리카 육군의 원폭투하 명령에 따르면 투하목표는 나가사키시의 중심부를 흐르는 나카시마강（中島川）에 설치된 도키와 다리（常盤橋）에서 니기와이 다리（賑橋）부근까지로， 당초 투하목표는 나가사키의 상업중심부였다는 것을 알 수 있습니다．
