La bombe qui a été lancée sur Nagasaki a été assemblée sur l’ile Tinian (Mariannes du nord) le 6 août, c’est à dire le jour du bombardement d’Hiroshima. Puis, le 8 août, il avait été ordonné que le 9, le premier objectif soit d’ attaquer Kokura dans le nord de Kyushu, ou que la bombe tombe sur Nagasaki en deuxième objectif.
Le 9, le bombardier Bockscar B29 vole au dessus de Kokura, mais le ciel était embrumé par les bombardements de Yahata la veille au soir. La visibilité étant alors mauvaise, le lancer de la bombe fut annulé. L’avion a donc suivi le deuxième objectif et s’est dirigé vers Nagasaki pour larguer la bombe atomique.
On peut penser que les raisons pour lesquelles Nagasaki avait été choisi comme l’un des objectifs, étaient que la ville n’avait pas été fortement touchée par les bombardements ordinaires, et que c’était l’endroit idéal pour mesurer les effets de la bombe atomique. De plus il y avait là une importante concentration d’usines de matériels de guerre, comme des constructions navales et d’engins militaires.
Mais plus tard, si on se réfère aux ordres donnés par l’armée américaine, on apprend que l’objectif était, en réalité, de faire tomber la bombe entre le pont Tokiwa et le pont Nigiwai se trouvant sur la rivière Nagashima, celle qui traverse en plein coeur la ville de Nagasaki. Ainsi on comprend que le premier objectif était donc de toucher les commerces se trouvant en plein centre de la ville.