تم تجميع القنبلة الذرية التي أُلقيت على ناغاساكي في جزيرة تنيان إحدى جزر ماريانا الشمالية في 6 أغسطس في اليوم ذاته الذي أُلقيت فيه القنبلة الذرية الأولى على هيروشيما، وفي 8 أغسطس صدر الأمر بإسقاط القنبلة الثانية في التاسع من الشهر ذاته في اليوم التالي على مدينة كوكورا بوصفها هدفًا رئيسيا أو ناغاساكي بوصفها هدفًا ثانويًا، وفي صباح التاسع من أغسطس كانت القاذفة B - 29 المسماة "بوكسكار" تحلق فوق سماء مدينة كوكورا ولكن الرؤية كانت سيئة بسبب الكم الهائل من الدخان والضباب الناتجين عن الغارة الجوية التي شُنت على مدينة ياهاتا في اليوم السابق، ولهذا تركت القاذفة الهدف الرئيسي واتجهت إلى الهدف الثانوي وهو مدينة ناغاساكي حيث تم إسقاط القنبلة الذرية.
لماذا اختيرت ناغاساكي هدفًا من بين أهداف القصف الذري؟ يعتقد البعض أن السبب الرئيسي هو أن ناغازاكي كانت الأقل تضررًا من الغارات الجوية العامة ولهذا كانت مناسبة لدراسة وقياس القوة النووية بدقة، وكذلك لأن المنشآت العسكرية مثل شركات بناء السفن ومصانع الذخائر كانت تتركز في ناغاساكي.
لكننا عرفنا فيما بعد أن نقطة الإسقاط الرئيسية التي أمر بها الجيش الأمريكي كانت بالقرب من المركز التجاري في مدينة ناغاساكي بين جسر نيجيواي وجسر توكيوا الذي يمر فوق نهر ناكاشيما الذي يتوسط المدينة.
