De verwoesting door de hittestralen en de explosie werd verder vergroot door de vele branden die uitbraken. In totaal brandden 12.900 huizen, ongeveer een derde van alle woningen in Nagasaki, geheel af of werden op andere wijze compleet verwoest. 5.509 Huizen werden gedeeltelijk beschadigd of verbrand.
Een groot aantal mensen raakte bedolven onder puin en werd, al wachtend op hulp, door het meedogenloze vuur levend verbrand, waardoor het dodental aanzienlijk steeg. Ondanks de noodkreten om hulp was het voor omstanders door de uitbrekende branden onmogelijk om hulp te bieden en zat er voor hen niks anders op dan hun geliefden achter te laten en te vluchten, wat leidde tot een nog grotere tragedie.
