De atoombom die bij de aanval op Nagasaki is gebruikt werd op het Tinian eiland van de Noordelijke Marianen in elkaar gezet. Dit gebeurde op 6 augustus, dezelfde dag dat Hiroshima werd gebombardeerd. Op 8 augustus werd het bevel gegeven om de volgende dag de tweede bom te laten vallen. De keus viel op Kokura als primair doel, met als alternatief doel, Nagasaki. De volgende ochtend, op 9 augustus, bereikte de Amerikaanse B-29 bommenwerper Bockscar het luchtruim boven Kokura. Doordat er nog grote hoeveelheden rook en nevel van de luchtaanval op Yahata van de vorige avond in de lucht hingen was het zicht echter erg slecht en werd besloten uit te wijken naar Nagasaki, waar de bom werd afgeworpen.
Waarom werd Nagasaki gekozen als een potentieel doel?
Nagasaki was tijdens de voorafgaande conventionele bombardementen redelijk gespaard gebleven, waardoor het effect van een atoombomaanval goed zou kunnen worden nagegaan.
Tevens was er rondom Nagasaki veel militaire industrie, zoals scheepsbouw- en wapenfabrieken, en was de stad dus van groot militair belang. Beiden worden aangedragen als hoofdzakelijke reden dat Nagasaki als potentieel doel werd gekozen.
Het werd later bekend dat het oorspronkelijke bevel van het Amerikaanse leger was om de atoombom in het commerciële centrum langs de Nakashima rivier tussen de Nigiwai brug en de Tokiwa brug, veel centraler in de stad, te laten vallen.
