La bomba atómica lanzada sobre Nagasaki fue montada en la isla Tinian, una de las islas que forman las Marianas del Norte, el 6 de agosto, día en que se lanzó la primera bomba atómica sobre la ciudad de Hiroshima. El 8 de agosto se dio la orden de lanzar la bomba al día siguiente, el 9. El objetivo principal era Kokura y el secundario Nagasaki.
La mañana del día 9, el bombardero Bockscar B-29 llegó a volar sobre Kokura pero, debido al denso humo a raíz del ataque sobre Yahata la noche anterior,
la visibilidad no era buena. Por este motivo, se desistió de tirar la bomba y el avión se dirigió al objetivo secundario, Nagasaki, donde la dejó caer.
Se cree que uno de los motivos por los que se eligió Nagasaki para lanzar la bomba es que no había sufrido graves daños por los bombardeos ordinarios y que, por lo tanto, se prestaba para comprobar la potencia de la bomba atómica. Hay que añadir que en la ciudad se concentraban numeras instalaciones militares como fábricas de munición o astilleros.
Después se supo que el punto principal elegido por el ejército de Estados Unidos era la zona comprendida entre el puente Tokiwa y el Nigiwai sobre el río Nakashima que atraviesa la parte central de la ciudad de Nagasaki. De aquí se comprende que la bomba tenía como fin destruir la zona comercial central de la ciudad.
